Erhan Afyoncu dilahirkan pada tahun 1967 di Tokat. Beliau menamatkan pendidikan rendah dan menengahnya di sana. Pada tahun 1984, beliau memulai pendidikan universitinya di Universiti Marmara, Fakulti Pendidikan Ataturk, dalam bidang pendidikan sejarah dan lulus pada tahun 1988.
Pada tahun 1989, beliau dilantik sebagai Pembantu Peneliti di fakulti yang sama. Beliau menyelesaikan Ijazah Sarjana di Institut Sains Sosial Universiti Marmara dalam bidang Sejarah Zaman Baru, dengan tesis berjudul Necati Efendi Tarih-i Kırım (Rusya Sefaretnamesi) pada tahun 1990. Beliau mendapat gelaran doktor pada tahun 1997 dengan tesis Defterhâne-i Âmire dalam Organisasi Negara Uthmaniyah (abad ke-16 hingga ke-18) di Institut Penelitian Turkologi Universiti Marmara. Pada tahun 2000, beliau menjadi seorang Timbalan Profesor.
Pada tahun 2001, beliau berpindah ke Jabatan Sejarah, Fakulti Sains dan Seni Universiti Marmara. Pada tahun 2008, beliau dilantik menjadi seorang Profesor Madya dan pada tahun 2014 pula seorang Profesor.
Di Fakulti Sains dan Seni Universiti Marmara, beliau bertugas sebagai Timbalan Ketua Jurusan Sejarah, Ketua Program Sejarah Zaman Baru serta anggota dalam fakulti dan dewan pengurus. Antara tahun 2012 hingga 2015, beliau merupakan anggota dewan pengurus di Lembaga Tinggi Kebudayaan, Bahasa dan Sejarah Ataturk. Pada Februari 2016, beliau menjadi Dekan Fakulti Sains dan Seni Universiti Marmara dan pada 4 Oktober 2016, beliau dilantik sebagai Rektor Universiti Pertahanan Nasional.
Beliau telah menulis buku-buku akademik seperti Panduan Penelitian Sejarah Ottoman Sebelum Tanzimat, Palsu Mesih (Sabatay Sevi, Pendiri Dönmelik dalam Dokumen Ottoman dan Yahudi) dan banyak lagi. Selain itu, beliau juga banyak menulis artikel dan entri ensiklopedia tentang topik seperti birokrasi Uthmaniyah, sejarah perang, suku-suku, sejarawan Uthmaniyah, dan penulisan sejarah. Karya-karyanya telah diterjemahkan ke dalam bahasa Inggeris, Jerman, Cina, Serbia, Makedonia, Albania, Romania, Arab dan Korea. Selain penelitian akademik, beliau juga menulis artikel sejarah terkenal.
