Kishimoto mempunyai mesej yang ringkas ditanamkan berkenaan karya Naruto. Mungkin beliau tidak berniat untuk meletakkan falsafah ataupun konsep yang tinggi dalam karyanya. Tetapi Kishimoto jelas menyatakan:

“Dalam dunia sebenar, sukar untuk manusia memahami antara satu sama lain disebabkan budaya dan dibesarkan dengan cara berbeza. Apabila kita mula meningkat dewasa, kita akan mula melihat, kadangkala ada perkara yang tak kena berlaku dalam hidup kita.